Fljótlega eftir að Jón Sigurðsson hóf nám í málfræði við Kaupmannahafnarháskóla spurðist það út að hann væri nákvæmur og gagnrýninn í öllum vinnubrögðum. Jón fékk því mikla aukavinnu. Hann sat oft „á Turni“, þar sem Árnasafn og háskólabókasafnið voru, eða á Konunglegu bókhlöðunni á Hallarhólmanum og skrifaði upp forn handrit fyrir ýmsa aðila. Árið 1835 var hann ráðinn annar tveggja styrkþega Árnasafns og frá árinu 1848 var hann kjörinn ritari Árnanefndar sem stjórnaði safninu. Einnig tók hann að sér mörg verkefni fyrir Hið konunglega norræna fornfræðafélag og var skjalavörður þess í nokkur ár. Auk þess vann hann að dönsku fornbréfasafni fyrir Danska vísindafélagið. Handritarannsóknir og útgáfumál urðu hans helsta lifibrauð alla tíð og hann naut mikils álits í fræðaheimi Kaupmannahafnar. Hann var meðal annars sendur til Stokkhólms og Uppsala sumarið 1841 til að skrá þar íslensk handrit. Meðal þeirra verka sem Jón sá um útgáfu á voru Snorra-Edda, Íslendingabók og Landnáma, ýmsar Íslendingasögur og önnur fornrit.

Árið 1851 var Jón kosinn forseti Hafnardeildar Hins íslenska bókmenntafélags og gekk eftir það undir nafninu Jón forseti meðal vina. Þaðan kemur forsetanafnið. Mikill hluti af vinnu hans fór eftir þetta í útgáfustarfsemi fyrir Bókmenntafélagið. Meðal þess sem Jón fékkst við á þessum árum var að móta færeyskt ritmál ásamt færeyska prestinum Hammershaimb, sjá um þjóðfræðiútgáfur margs konar í samvinnu við danska fræðimenn og búa til útgáfu rit eins og Tíðindi um stjórnarmálefni Íslands og  Lovsamling for Island.

Á árunum 1856 og 1857 hófst útgáfa tveggja undirstöðuverka Jóns. Annars vegar var það Safn til sögu Íslands og hins vegar Íslenskt fornbréfasafn. Víðtækar rannsóknir hans á sögu Íslands áttu eftir að færa honum vopn í baráttunni fyrir sjálfstæði landsins og stappa stálinu í deiga landa hans. Sjálfur eignaðist Jón stórt og dýrmætt safn íslenskra bóka og handrita og er talinn mesti handritasafnari Íslands, næstur á eftir Árna Magnússyni.

Meðal annarra útgáfurita Jóns voru verk skáldanna Jóns Þorlákssonar á Bægisá og Jóns Thoroddsen og á árunum 1859 og 1861 tók hann saman tvö rit sem áttu að stuðla að bættri verkmenningu Íslendinga. Þau voru Lítil fiskibók með uppdráttum og útskýringum handa fiskimönnum á Íslandi og Lítil varningsbók handa bændum og búmönnum á Íslandi. Þá er ótalin fjöldi ritgerða hans í Nýjum félagsritum og öðrum tímaritum og blöðum.