Á námsárum Jóns Sigurðssonar var mikil ólga meðal stúdenta og menntamanna í Kaupmannahöfn.  Þeir kröfðust stjórnarskrár, þar sem ýmis mannréttindi væru tryggð, og þingbundinnar konungsstjórnar en Danmörk var þá enn einvaldsríki. Jón lét þetta afskiptalaust framan af en um 1840 var eins og hann vaknaði af dvala. Hann tók að skrifa greinar í dönsk blöð þar sem hann deildi hart á danska kaupmenn og verslunarhætti þeirra á Íslandi. Hann vildi frjálsa verslun. Jón stofnaði ásamt hópi íslenskra stúdenta og menntamanna tímaritið Ný félagsrit þar sem hann skrifaði um framfaramál og eggjaði Íslendinga til að bindast samtökum um þau. Hann vildi vekja hina daufu og fákunnandi landsmenn sína til dáða og virkja þá til þátttöku í stjórnmálum þannig að þeir gætu staðið jafnfætis öðrum þjóðum. Hann talar um „rétt vorn“ og að hver þjóð eigi náttúrulegan rétt til að stjórna sér sjálf. Það var í anda nýrra kenninga um þjóðerni sem efst voru á baugi í Evrópu. Hann vildi að alþingi yrði eins konar félagsmálaskóli fyrir þjóðina.

Eftir að alþingi var endurreist 1845 varð hann strax foringi meirihluta þingmanna og oftast kjörinn forseti alþingis eftir 1849. Hann sat til dauðadags sem alþingismaður Ísafjarðarsýslu og tók upp á þeirri nýjung fyrstur manna, hér á landi, að halda fundi með kjósendum sínum og senda þeim bréf þar sem hann útskýrði helstu þingmál. Alþingi var aðeins ráðgefandi allt til 1874 en Jón beitti sér fyrir því að menn skrifuðu undir bænarskrár til konungs um margvísleg málefni og voru þær helsta vopnið í baráttu Íslendinga fyrir sjálfstæði og bættum hag. Þetta var friðsöm barátta og aldrei neinu blóði úthellt. Er það einsdæmi í frelsisbaráttu þjóða.

Eftir febrúarbyltinguna 1848 varð nýr konungur, Friðrik VII, að afsala sér einveldi sínu. Þetta varð til þess að Jón Sigurðsson skrifaði Hugvekju til Íslendinga þar sem hann krafðist sérstakrar stjórnarskrár fyrir Ísland. Í hita leiksins gaf Friðrik konungur Íslendingum fyrirheit um sérstakt íslenskt stjórnlagaþing eða þjóðfund þar sem slík stjórnarskrá yrði samin. Fundurinn var svo haldinn á sal Lærða skólans 1851 en þá höfðu Danir fengið bakþanka og slitu fundinum fyrirvaralaust í miðjum klíðum. Jón tók til máls og mótmælti þessari aðferð harðlega en flestir fundarmanna stóðu á fætur og hrópuðu í einu hljóði: „Vér mótmælum allir“.

Eftir þjóðfundinn 1851 gekk lítið að skilgreina þjóðréttarlega stöðu Íslands um langt árabil en mikill áfangi náðist þó árið 1855 þegar Íslendingar fengu frelsi til að versla við allar þjóðir. Jón vildi opna Ísland sem mest fyrir umheiminum og verslunarfrelsið var honum þakkað.

Árið 1861 var skipuð opinber nefnd í Kaupmannahöfn sem átti að gera tillögur um fjárhagslegan aðskilnað Danmerkur og Íslands og var það liður í viðleitni stjórnvalda til að leysa stjórnarfarskreppuna á Íslandi. Jón Sigurðsson var skipaður einn nefndarmanna en fór allt aðrar leiðir en hinir nefndarmennirnir. Hann byggði álit sitt í nefndinni á sögulegum rannsóknum og komst að þeirri niðurstöðu að Danir skulduðu Íslendingum álitlegar upphæðir, aðallega vegna andvirðis seldra jarða, sem konungur hafði náð undir sig á liðnum öldum, og vegna arðs Dana af einokunarversluninni.  Krafan var kölluð reikningskrafa og varð til þess að stappa stálinu í Íslendinga.

Í Danmörku varð Jón stundum fyrir hörðum árásum og stundum lýst sem ofstækisfullum leiðtoga öfgasinnaðs þjóðernisflokks sem berðist fyrir sjálfstæði Íslands.  Engu að síður var Jón alltaf raunsæismaður og var stundum tilbúinn til málamiðlana til að ná fram áföngum í stjórnmálabaráttunni. Einn slíkur áfangi var stjórnarskráin 1874 þar sem alþingi var fært takmarkað löggjafar- og fjárveitingavald. Jón hafði verið með í ráðum um gerð hennar bak við tjöldin.

Jón Sigurðsson var rökfastur í ræðu og riti og þegar honum tókst best upp í ræðustól urðu menn frá sér numdir. Eina eftirminnilegustu ræðu sína flutti hann á þinginu 1869. Matthías Jochumsson hlýddi á hana og sagði að flestir þingmenn hefðu orðið yfirkomnir af mælsku hans og yfirburðum. Jafnvel einn af hans helstu mótstöðumönnum hrópaði við lok ræðunnar: „Það vildi ég að slíkur maður lifði eilíflega“.

Jón var frá upphafi stjórnmálabaráttu sinnar meðvitaður um landsföðurlegt hlutverk sitt og það rækti hann úr fjarlægðinni í Kaupmannahöfn. Hann var iðinn við að láta taka af sér ljósmyndir eða láta gera steinprentsmyndir af sér og senda heim í áróðursskyni. Svo veigamikinn sess skipaði hann í hugum Íslendinga við andlát sitt 1879 að heita mátti að hann væri orðinn þjóðardýrlingur.