Haustið 1833 sigldi Jón Sigurðsson til Kaupmannahafnar að nema málfræði og sögu og fékk inni á Garði (Regensen) þar sem hann bjó í fjögur ár og kallaði sig Jón Sivertsen. Hann stundaði nám sitt af kappi og hlaut strax  góðar einkunnir. Hann stundaði talsverða vinnu með námi sem ekki veitti af því hann hafði lítil fjárráð, en þetta varð til þess að námið sat stundum á hakanum. Árið 1838 lauk Garðvist Jóns Sigurðssonar. Hann hélt áfram námi enn um hríð en vegna anna við handritarannsóknir og útgáfustarfsemi lauk hann aldrei prófi.

Eftir þetta bjó Jón í herbergjum á ýmsum stöðum í Kaupmannahöfn. Um þær mundir hóf hann afskipti af stjórnmálum og stofnaði tímaritið Ný félagsrit (1841). Hann eignaðist brátt marga einlæga aðdáendur – og varð foringi í nývaknaðri þjóðfrelsisbaráttu Íslendinga.

Eftir að Jón giftist frændkonu sinni, Ingibjörgu Einarsdóttur, árið 1845 stofnuðu þau heimili í Kaupmannahöfn. Hjónin bjuggu á þremur stöðum í Kaupmannahöfn, áður en þau fluttu í stóra og glæsilega íbúð við Øster Voldgade (Jónshús) árið 1852 en þar bjuggu þau síðan til æviloka og héldu uppi mikilli risnu. Haustið 1859 tóku þau til sín fósturson, Sigurð Jónsson 8 ára, systurson Jóns vestan af fjörðum, og ólu hann upp sem sinn eigin son en sjálf voru þau barnlaus.

Einu sinni í viku var opið hús hjá Jóni og þá söfnuðust Íslendingar þar saman, til að ræða málin og njóta gestrisni og veitinga. Jón sat oftast að störfum við skrifborð sitt en jafnskjótt og  gestirnir komu stóð hann upp, fagnaði þeim og bauð þeim til sætis. Síðan var skrafað og skeggrætt þar til húsfreyja kom og bauð mönnum til borðs. Eftir borðhald var haldið aftur inn á skrifstofu Jóns og boðið upp á vindla og púns. Síðustu árin fór Jón daglega í gönguferðir út á Tollbúð, Löngulínu eða upp á virkisveggjunum, oft í fylgd íslenskra stúdenta.

Hinn 7. desember 1879 andaðist Jón í hornstofunni í íbúð sinni við Øster Voldgade, 68 ára gamall, og aðeins 11 dögum síðar dó Ingibjörg. Andláti Jóns var slegið upp á forsíðum danskra dagblaða og haldin var fjölmenn minningarathöfn um hann í Garnisonkirkjunni.

Jón Sigurðsson átti því heima í Kaupmannahöfn allt frá því hann hóf nám við Kaupmannahafnar-háskóla um jólin 1833 þar til hann lést á heimili sínu við Austurvegg í desember 1879 eða í rétt 46 ár.