Jón Sigurðsson lifði og starfaði á þremur stöðum um ævina; á Hrafnseyri við Arnarfjörð, í Reykjavík og í Kaupmannahöfn.
Hann fæddist á prestssetrinu Hrafnseyri í Auðkúluhreppi við Arnarfjörð 17. júní 1811. Hann var frumburður séra Sigurðar Jónssonar aðstoðarprests þar og konu hans Þórdísar Jónsdóttur, og hlaut nafn sitt frá afa sínum, séra Jóni Ásgeirssyni í Holti í Önundarfirði. Hinn afinn, séra Jón Sigurðsson var prestur á Hrafnseyri. Yngri systkini Jóns voru Jens, fæddur 1813, sem síðar varð rektor Lærða skólans í Reykjavík og Margrét, fædd 1816, síðar húsfreyja á Steinanesi í Arnarfirði.
Lítið er vitað um æsku Jóns en hann mun hafa haft gott sjálfstraust úr foreldragarði og þótti prúður og bráðger. Þrettán ára gamall fékk hann leyfi til að róa á árabát Hrafnseyrarklerks eina vetrarvertíð frá Verdölum, yst við Arnarfjörð sunnanverðan. Hann átti að fá hálfan hlut en fékk því framgengt með harðfylgi að fá að róa sem fullgildur háseti og kom þar í ljós kappgirni hans. Ári seinna fermdist hann með umsögninni „vel læs, kunnandi og frómlyndur“. Jón fékk snemma fallega rithönd svo að hann var fenginn til að skrifa upp almanök fyrir sveitunga sína og lét hann þá fylgja með vísur með sem hann hafði sjálfur ort.
Í byrjun 19. aldar er Jón fæddist voru Íslendingar bláfátæk þjóð en Arnfirðingar, sem töldu um 700 manns, voru í fararbroddi nýrra atvinnuhátta, svo sem veiða á þilskipum, og alls ekki eins afskekktir og ætla mætti. En erfitt var í ári um þessar mundir vegna harðinda og stopulla siglinga af völdum styrjalda í Evrópu.
Á prestssetrinu Hrafnseyri í Auðkúluhreppi sveif upplýsingastefna og skynsemishyggja 18. aldar yfir vötnum. Þar hafði séra Jón Sigurðsson reist nýstárlegan bæ, svokallaðan burstabæ, en þeir voru nú að byrja að ryðja sér til rúms á Íslandi. Faðir Jóns, séra Sigurður á Hrafnseyri, sendi ekki Jón son sinn í Bessastaðaskóla eins og eðlilegt hefði mátt vera um svo efnilegan pilt. Þess í stað ákvað hann að kenna honum sjálfur til stúdentsprófs og hafa vafalaust ráðið því búhyggindi séra Sigurðar sem ekki var ríkur maður.
En með þessu ráðslagi fór Jón á mis við samfélag skólapilta. Námsefnið heima á Hrafnseyri var nokkurn veginn það sama og kennt var í Bessastaðaskóla og mest áhersla lögð á latínu. Augljóst er að Jón Sigurðsson var bókaormur á unga aldri og mjög fróðleiksfús. Hann eignaðist hluta úr jörðinni Gljúfurá og byggðist sá eignarhlutur á gjöf frá afa hans og alnafna. Þessi litla jarðareign varð seinna grundvöllur að þingmennsku Jóns fyrir Ísafjarðarsýslu en þá var eign skilyrði fyrir kjörgengi til þings.